人胚胎干细胞成骨模型中发育性骨毒性的MicroRNA网络调控[RNA-Seq]

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE324491

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数据说明

发育期暴露于环境毒物是骨骼异常的一个原因。然而，将早期暴露与骨形成受损联系起来的分子机制仍不明确。骨骼组织起源于神经嵴和中胚层衍生的谱系，这些谱系依赖于共享的成骨分化程序，提示共同调控过程的紊乱可能导致多样的骨骼结局。微小RNA（miRNA）是基因网络的关键转录后调控因子，并已成为毒物诱导扰动的指标。在本研究中，我们考察了发育相关毒物在成骨分化过程中是否与miRNA调控网络相关。利用基于人胚胎干细胞（hESC）的成骨分化模型，我们评估了涵盖不同主要机制的九种毒物的效应。毒物暴露在其IC50下损害成骨分化，这反映为成骨标志物表达的改变和转录重塑。

全球miRNA谱分析揭示了miRNA的失调，这些miRNA富集于骨相关生物学过程，包括成骨定向与分化时序的调控因子。整合miRNA–mRNA网络分析识别出一组与核心成骨及谱系相关通路相连的miRNA，包括RUNX2依赖性转录以及BMP和Wnt信号传导。对代表性miRNA的调控产生了与毒物暴露后所观察到的成骨结果相一致的表型，且在某些情况下与暴露培养物中分化的部分恢复相关。总体而言，这些发现表明化学结构多样的发育毒物在成骨分化过程中与miRNA介导的调控模式相关。保守miRNA特征谱的识别为发育性骨毒性提供了机制性见解，并支持将miRNA网络分析用作骨骼发育毒性的人体相关终点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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