SMCHD1缺失重塑肌肉细胞MYOD1增强子连接与染色质可及性图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE319462

标准获取流程：

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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类SMCHD1是一种染色质结构调控因子，与面肩肱型肌营养不良症（FSHD）相关，但SMCHD1如何在不依赖DUX4的情况下调控肌源性转录仍不清楚。本研究表明，SMCHD1在人成肌细胞中维护增强子组织和三维（3D）基因组结构。SMCHD1缺失导致染色质可及性广泛增加、转录异常改变以及肌源性转录因子MYOD1的全局性重分布。对组蛋白修饰、染色质可及性、Hi-C成环和Activity-by-Contact增强子–基因模型的整合分析揭示，SMCHD1缺失重塑了成簇增强子的景观，并促进了一个与MYOD1相关的增强子元件网络的出现，称为MYOD1增强子连接枢纽（MYOD1 enhancer Nexuses）。这些结构以增强子–增强子连接性增加、局部3D染色质相互作用增强以及肌源性和FSHD相关基因的协同激活为特征。总之，我们的发现表明SMCHD1是一个关键的结构约束因素，可抑制过度活跃的增强子网络，从而维持成肌细胞的转录稳态。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。