免疫缺陷小鼠皮内注射后长期存活人间充质基质细胞亚群的鉴定

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE313471

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数据说明

背景 隐性营养不良型大疱性表皮松解症（RDEB）是一种严重的皮肤病，由编码VII型胶原（C7）的COL7A1基因功能缺失突变引起。RDEB患者自出生起即遭受皮肤和黏膜水疱的困扰，并发展为严重的局部和全身并发症，导致预后不良。间充质基质细胞（MSCs）因其抗炎特性和表达C7的能力，已显示出改善RDEB患者伤口愈合和皮肤炎症的潜力。本研究旨在优化人骨髓来源MSCs（BM-MSCs）的体外培养条件，以提高其在鼠类模型局部注射后的存活率。方法 将来自健康供者的BM-MSCs用编码萤火虫荧光素酶和mCherry报告蛋白的慢病毒载体转导，并置于多种培养条件下：塑料表面单层培养或球体培养，分别在缺氧（5% O2）或常氧（21% O2）条件下进行。随后将这些细胞皮内注射（ID）至免疫缺陷小鼠体内，并通过活体成像评估其存活情况。注射前通过单细胞RNA测序（scRNAseq）对BM-MSCs群体进行分析。

注射BM-MSCs的小鼠皮肤在注射后两个月进行采样，并通过空间转录组学对存活亚群进行了表征。结果，scRNAseq分析显示单层和球体培养条件之间存在显著差异，但氧水平对细胞群体没有显著影响。尽管在所有测试条件下大多数注射细胞在最初两个月内逐渐死亡，但1%的活生物发光细胞在注射后持续存在长达54至61周。空间转录组学数据表明，所有存活细胞，无论其体外预处理如何，均保留THY1、ENG和NT5E表达，与成纤维细胞共享特征，并在与细胞外基质和胶原纤维组织相关的基因中表现出富集表达，这些是关键过程

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。