PerturbPair：整合Perturb-seq与光学混合筛选的双模态平台
该数据集来自GSE312107，针对经脂多糖（LPS）刺激的原代骨髓来源巨噬细胞（BMDM），使用靶向1,030个基因的混合CRISPR文库（每个基因约4条sgRNA），在LPS刺激后9小时进行Perturb-seq，获取单细胞RNA测序（scRNA-seq）表达谱，以刻画遗传扰动引发的转录响应
基本信息
资源简介
PerturbPair：整合Perturb-seq与光学混合筛选的双模态平台
PerturbPair: A Dual-Modality Platform Integrating Perturb-seq and Optical Pooled Screening to Map Cellular Responses and Enable Cross-Modal Inference
该数据集来自GSE312107，针对经脂多糖（LPS）刺激的原代骨髓来源巨噬细胞（BMDM），使用靶向1,030个基因的混合CRISPR文库（每个基因约4条sgRNA），在LPS刺激后9小时进行Perturb-seq，获取单细胞RNA测序（scRNA-seq）表达谱，以刻画遗传扰动引发的转录响应。数据可用于研究巨噬细胞在炎症刺激下的基因功能与调控网络，并支持Perturb-seq与光学混合筛选之间的跨模态推断（来源 NCBI）。
【数据集背景】
源站首次发布：Dec 01 202。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：该数据集刻画了经脂多糖（LPS）刺激的原代骨髓来源巨噬细胞（BMDM）对遗传扰动的转录响应。使用靶向1,030个基因的混合CRISPR文库（每个基因约4条sgRNA），我们在LPS刺激后9小时应用Perturb-seq捕获单细胞RNA测序（scRNA-seq）表达谱。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：GPL13112、10090。本站分类：肌肉骨骼系统疾病。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE312107
【使用注意】
· 源站最后修改于 Apr 20 202，引用时请注意版本时效。
下载信息
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
该数据集描述了原代骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）在脂多糖（LPS）刺激下对基因扰动的转录反应。我们使用靶向1，030个基因的混合CRISPR文库（每个基因约4个sgRNA），应用Perturb-seq技术在LPS刺激后9小时捕获单细胞RNA测序（scRNA-seq）图谱。
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