获得性特发性再生障碍性贫血患者骨髓间充质干细胞的转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE293806

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数据说明

获得性再生障碍性贫血（AA）是一种以骨髓（BM）衰竭为特征的罕见疾病，表现为造血干细胞和祖细胞（HSC/HPC）严重减少以及骨髓微环境破坏，包括脂肪细胞替代骨髓。虽然细胞毒性T细胞介导的HSC/HPC破坏是AA发病机制中的关键因素，但干细胞龛的改变也参与其中。研究报道了骨髓内间充质基质细胞（MSC）功能异常，但研究结果并不一致。在本研究中，我们对获得性特发性重型AA（SAA）患者和健康对照者的骨髓来源MSC进行了批量mRNA测序，以识别与疾病病理生理学相关的基因及潜在治疗靶点。采用校正p值（padj）< 0.05以及AA中下调基因log2倍数变化（L2FC）截断值< -1.5、上调基因> 1.5的标准，我们鉴定出306个差异表达基因（DEG）：188个下调，118个上调。

与对照组相比，在AA来源的MSCs中观察到与免疫应答改变、脂肪生成、脂质代谢、成骨细胞分化、破骨细胞活性、细胞外基质（ECM）重塑、细胞相互作用、造血支持、血管生成、DNA修复/损伤应答以及应激反应相关的分子模式。此外，还鉴定出与Wnt/β-catenin、MAPK、PI3K/AKT、JAK/STAT和NF-κB信号通路相关的基因表达谱，尽管结果存在差异。本研究旨在为AA中改变的BM微环境提供新的见解，增进我们对疾病机制的理解，并促进新型治疗策略的开发。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。