GSE293677：RUNX2调控瘢痕疙瘩成纤维细胞异常胶原基因表达

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE293677

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数据说明

瘢痕疙瘩是一种以过度瘢痕形成为特征的炎症性纤维增殖性皮肤疾病。成纤维细胞在皮肤纤维化中发挥关键作用，表现为胶原沉积增强。为探究瘢痕疙瘩中胶原过度沉积的分子驱动因素，我们比较了瘢痕疙瘩与邻近正常皮肤的转录组，结果显示瘢痕疙瘩中骨与软骨谱系发生显著偏移，同时成骨和成软骨分化的关键调控因子RUNX2明显上调。随后，我们证实瘢痕疙瘩组织和成纤维细胞中RUNX2蛋白及磷酸化RUNX2水平较正常皮肤和正常真皮成纤维细胞升高。为深入探究RUNX2过表达如何促进瘢痕疙瘩发病机制，我们在瘢痕疙瘩成纤维细胞中通过siRNA介导敲低RUNX2，随后进行mRNA测序。结果显示，与对照组相比，敲低组中胶原基因COL11A1、COL5A3、COL15A1和COL6A6显著下调，同时GO富集分析显示参与胶原和ECM组织的基因受到扰动。

利用Runx2基因敲除小鼠进行的进一步功能研究证实，与Runx2野生型小鼠相比，Runx2基因敲除小鼠中这些胶原基因表达下调，同时真皮厚度减少、真皮总胶原含量降低。这些发现强调了RUNX2在瘢痕疙瘩胶原重塑中的关键作用，并提供了潜在的治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。