AL淀粉样变性浆细胞及其骨髓微环境的单细胞与克隆分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE292189

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数据说明

AL淀粉样变性是一种以骨髓中克隆性浆细胞扩增及由错误折叠的免疫球蛋白游离轻链介导的远处终末器官损伤为特征的疾病。目前关于AL淀粉样变性浆细胞的功能特征及其周围骨髓微环境的数据有限。我们对9例新诊断、未经治疗的AL淀粉样变性患者和8名健康受试者进行了5’单细胞RNA测序。我们发现AL淀粉样变性患者正常骨髓造血普遍受抑，同时CD16单核细胞和CD4+ T细胞亚群明显扩增。我们检测到免疫细胞中广泛存在显著的转录变化，表现为干扰素α和γ反应增强、TNF-α信号减弱。T细胞和B细胞受体谱分析显示AL淀粉样变性患者中B细胞或T细胞无明显克隆性扩增。然而，我们注意到AL淀粉样变性患者中一个独特的非恶性浆细胞群体不成比例地扩增。

最后，基于其独特的VDJ重排鉴定出克隆性AL淀粉样变性浆细胞，与自体的多克隆浆细胞相比，这些细胞显示出参与蛋白质稳态和抗原加工的基因表达增加。患者间的转录异质性明显，反映常见基因组易位的转录状态易于识别。总体而言，本研究明确了AL淀粉样变性浆细胞及其周围骨髓微环境的转录特征，确定了可作为更大规模研究中早期诊断候选标志物的转录特征，以及潜在的分子治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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