GSE284057：5' HOXD基因差异调控手部关节滑膜成纤维细胞基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE284057

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们此前已证明，同源盒（HOX）转录因子在不同关节部位之间存在差异表达，并能准确地将滑膜成纤维细胞（SFs）归位至其正确的关节部位。本文中我们发现，SFs中5’HOXD转录因子HOXD10、HOXD11和HOXD13的表达与类风湿关节炎（RA）好发部位显著重叠。沉默5’HOXDs后SFs基因表达的变化与RA SFs的关节特异性差异相一致。特别是，我们确定HOXD13是SFs中初级纤毛功能的调节因子，可调控细胞周期、DNA损伤和蛋白酶体活性。相应地，我们展示了初级纤毛形态、DNA损伤修复和蛋白酶体活性方面的关节特异性差异。因此，我们提出HOXD13和初级纤毛在塑造关节特异性SFs功能中发挥作用，这可能构成RA关节受累特征性模式的基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。