GSE206430：单细胞RNA-seq描绘骨髓细胞基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE206430

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：本研究旨在探究整合素β3（Itgb3）缺陷对骨髓细胞基因表达的作用。方法：在冰上使用含2%胎牛血清的PBS冲洗Apoe(-/-)、Itgb3(+/+)和Apoe(-/-)、Itgb3(-/-)小鼠的股骨和胫骨以收集骨髓。使用Lympholyte（Cedarlane，CL0531）通过密度梯度离心从骨髓中分离细胞。在1300 g离心20分钟后，从界面收集骨髓细胞，在无Ca2+/Mg2+的HBSS中洗涤，并通过70 µm尼龙网过滤解离成单细胞悬液。随后，对细胞进行10X Genomics单细胞3’ RNA-seq文库构建和测序。scRNA-seq数据使用Cell Ranger v 3.1.0处理。读数比对到修改版的小鼠转录组mm10。Cell Ranger选择的顶部细胞条形码用于下游分析。结果：比较了从Apoe(-/-)、Itgb3(+/+)和Apoe(-/-)、Itgb3(-/-)小鼠骨髓中分离的细胞类型之间的转录组表达谱。

结论：Apoe(-/-)、Itgb3(+/+)和Apoe(-/-)、Itgb3(-/-)基因型的骨髓细胞中基因表达谱存在显著差异。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。