人骨髓基质细胞扩增中批次效应超越供体差异与培养时长对表型、转录组和功能的影响 [RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE194298

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

供体差异是限制细胞疗法适用性的一个突出关键问题。我们提出疑问：使用人血小板裂解物（hPL）替代异种胎牛血清（FBS）的临床前骨髓基质细胞（BMSC）扩增参考方案，是否也能降低骨软骨再生中的供体差异。因此，我们研究了供体差异、hPL与FBS驱动的扩增以及 exhaustive 增殖对BMSC表观基因组、转录组、表型、凝血风险和骨软骨再生功能的影响。多色流式细胞术显示，所有检测细胞均维持了典型的成纤维细胞表型。我们证实，FBS扩增的BMSC在增殖挑战后增殖潜能显著下降。值得注意的是，与FBS相比，在hPL支持下进行的BMSC扩增显著增加了BMSC增殖，并且仅在一次培养传代后即产生了显著不同的基因表达轨迹和分化的表面标志物特征。我们观察到，无论培养持续时间如何，DNA甲基化受到的影响有限但可测量。

此外，在异种血清条件下扩增会导致三维软骨类器官样圆盘形成过程中功能显著丧失，并显著增加凝血风险。在hPL条件下，优越的成软骨功能在整个培养期间得以维持。作为额外观察，血小板血型和同种凝集素水平显示出表型变化，但对BMSC成软骨作用和凝血行为仅有轻微影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。