GSE184845：定义胸腺前体细胞在定向前后阶段的STAT5靶基因

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE184845

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

STAT5对于诱导谱系特异性转录因子、建立效应基因程序、上调IL-2Rα（也称为CD25）以及在成熟T细胞中响应环境信号支持细胞存活至关重要。尽管已有研究表明，IL-7诱导的STAT5信号传导对于胸腺前体细胞的存活也是必不可少的，但STAT5A和STAT5B及其靶基因在早期胸腺发育中促进发育程序的确切作用尚不清楚。为了确定这些早期T细胞祖细胞中的STAT5靶基因，我们采用CRISPR-Cas9技术介导了Stat5a和Stat5b的联合急性敲除。我们首先进行了初步实验，以确定IL-7能在胸腺双阴性（DN）细胞中诱导最大STAT5磷酸化的阶段（B. Shin，未发表数据）。随后，我们聚焦于在两个不同阶段对STAT5缺失作出响应的基因：CD25+ Bcl11b-预定向阶段和CD25+ Bcl11b+后定向阶段。

值得注意的是，为了在OP9-DLL1共培养体系中生成这些早期前T细胞，我们利用了表达Bcl2转基因的骨髓前体细胞，以尽量减少因STAT5A和STAT5B缺失导致的生存缺陷。我们的数据显示，在定向前后两个阶段，STAT5对于IL-2Rα基因（Il2ra）的最佳表达都是必需的，该基因在正常DN2和DN3前T细胞中呈组成性表达。这一数据集进一步界定了一组独特的额外基因，这些基因在前T细胞中对STAT5缺失反应更为强烈。R. Spolski等人撰写的相关手稿及其中引用的其他数据集包含了相应阶段STAT5B基因组占据情况的数据。总之，我们的数据定义了早期T细胞发育过程中受STAT5调控的靶基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。