通用caspase抑制下软骨母细胞RNA-Seq分析揭示骨关节炎相关基因谱调控

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE164835

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：关于caspase功能的知识——传统上认为其与细胞死亡和炎症相关——在软骨方面也在不断扩展。生长板内的软骨细胞表达活性caspase，而在肢体来源的成软骨细胞中抑制caspase会改变成骨相关基因。据报道，caspase抑制剂可减轻骨关节炎（OA）中软骨病变的严重程度，且caspase-3可能是OA预后的一种有前景的生物标志物。设计：为概述caspase抑制对成软骨细胞表达谱的影响，进行了全转录组RNA测序。肢体来源的成软骨细胞分别用两种不同的抑制剂培养：Z-VAD-FMK（FMK）和Q-VD-OPH（OPH）。结果：分析显示，与对照组相比，FMK样本中有252个基因的表达出现统计学显著增加，OPH样本中有163个基因的表达显著增加。相反，FMK组中有290个基因的表达显著降低，OPH组中有188个基因的表达显著降低。在上调和下调最显著的基因（变化超过10倍）中，近一半与OA相关。

两种抑制剂均显示炎症趋化因子Ccl5的上调最为显著。在一种或另一种抑制剂存在的情况下，下调最明显的基因是甘露糖受体Mrc1的基因。结论：本研究结果不仅提供了一系列与OA相关、表现为上调或下调的基因，还全面展示了原代软骨母细胞在广谱caspase抑制后的表达谱。此外，还比较了FMK抑制剂与OPH抑制剂的抑制效果。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。