Hutchinson-Gilford早衰症核纤层关联域表观遗传失调（RNA-Seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE150137

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

哈钦森-吉尔福德早衰综合征（Hutchinson-Gilford Progeria Syndrome, HGPS）是一种早衰性疾病，其特征是某些典型年龄相关表型的早发，包括关节炎、体脂和毛发丧失以及动脉粥样硬化。患者的细胞表达核膜蛋白Lamin A的突变版本（称为Progerin），此前已被证明表现出显著的染色质变化。在此，我们将核纤层相关结构域（lamina-associated domains, LADs）的表观遗传失调确定为HGPS分子病理学的核心特征。通过ATAC-see/-seq和Infinium MethylationEPIC BeadChip介导的DNA甲基化谱分析，我们证明HGPS患者的真皮成纤维细胞表现出染色质可及性和DNA甲基化变化，且这些变化在LADs中富集。重要的是，我们进一步表明这些表观遗传改变与HGPS特异性基因表达变化相关。总之，我们的结果确立了LADs在HGPS表观遗传失调中的核心参与，并为与该疾病相关的分子变化提供了新的见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。