scat突变小鼠与对照小鼠骨髓和脾脏RNA-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE148821

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RASA3（RAS p21蛋白激活因子3），也称为GAPIII或IP4BP（肌醇1,3,4,5-四磷酸结合蛋白），是RAS-GTP酶激活蛋白（GAPs）GAP1家族的成员。小GTP酶RAS超家族包括RAP亚家族。小GTP酶作为分子开关，在活性GTP结合形式和非活性GDP结合形式之间循环。它们由鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEFs）激活，GEFs促进GTP加载，并由GAPs失活，GAPs加速GTP水解。RASA3在造血中的主要作用最初是在对共等基因常染色体隐性小鼠突变体scat（严重联合贫血和血小板减少症）进行定位克隆时发现的。scat表型除严重贫血和血小板减少症外，还包括显著的白细胞减少。scat疾病呈发作性进展，严重危象期与一至两个缓解期交替出现。scat中的RASA3突变（G125V）导致RASA3错误定位至细胞质，消除RASA3的GAP活性，并增加scat红系细胞中的活性RAS水平。

作为一项更广泛研究的一部分，旨在分析RASA3在造血作用中的作用，我们进行了RNAseq研究，以生成关于scat疾病从危机期向部分缓解期进展的假设。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。