高灵敏DNA羟甲基化分析辅助骨髓增生异常综合征临床评估

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE148357

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

已有报道显示，骨髓增生异常综合征（MDS）患者存在异常的DNA羟甲基化（5hmC）。5hmC失调不仅见于TET2突变患者，也见于携带其他遗传缺陷的患者，提示5hmC可能作为一种有价值的表观遗传标志物来反映MDS的状态。为进一步评估5hmC在MDS发病过程中的功能，我们在此报告了一种改进的基于CMS-IP的高通量5hmC分析方法，该方法使用从MDS患者骨髓穿刺液中纯化的低输入DNA（10 ng）。我们的分析显示，与健康供者、CMML和AML患者相比，MDS患者的5hmC信号异质性相对更高。我们的系统生物信息学分析进一步揭示，5hmC特征可用于区分临床结局良好与不良的患者。在分子水平上，我们观察到5hmC在对造血和髓系谱系特化至关重要的几个关键转录因子结合基序内发生动态变化，这可能导致白血病发生过程中转录输出受损。

有趣的是，我们还观察到对低甲基化药物（HMA）治疗有反应的患者中，5hmC和转录组发生了巨大变化，这表明5hmC在评估表观遗传治疗方面具有预后价值。总体而言，我们的高灵敏度5hmC分析方法提供了一种有用的手段，极大地促进了MDS的临床评估。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。