系统性幼年特发性关节炎中性粒细胞基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE122552

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数据说明

全身型幼年特发性关节炎（SJIA）是一种具有自身炎症特征的慢性儿童关节病。早期炎症性SJIA与中性粒细胞的扩增和活化相关，并呈现脓毒症样表型，但长期存在及临床非活动性疾病（CID）中的中性粒细胞表型尚不清楚。本研究旨在考察处于不同SJIA疾病活动度谱系患儿中活化的中性粒细胞亚群、S100警报素释放及基因表达特征。方法：采用密度梯度离心联合磁珠阴性选择的两步法分离高纯度中性粒细胞，随后进行流式细胞术或细胞培养以定量S100蛋白释放。比较活动性SJIA与CID患儿中性粒细胞的 whole transcriptome 基因表达谱。结果：与对照组相比，伴有活动性全身特征的SJIA患者CD16+CD62Llo中性粒细胞群体数量更高。该中性粒细胞亚群未见於CID患者或未表现全身特征的活动性关节炎患者。

采用成像流式细胞术检测发现，与CD16+CD62L+中性粒细胞相比，活动性SJIA并具有巨噬细胞活化综合征（MAS）特征的患者其CD16+CD62Llo中性粒细胞的核过度分叶增多。血清S100A8/A9和S100A12水平与外周血中性粒细胞计数强烈相关。活动性SJIA患者的中性粒细胞未显示静息状态下S100蛋白释放增强；然而，无论疾病活动度如何，与对照中性粒细胞相比，SJIA患者的中性粒细胞在PMA刺激后确实表现出S100A8/A9释放增强。此外，对活动性SJIA患儿高度纯化中性粒细胞的全转录组分析发现，与健康对照中性粒细胞相比，有214个差异表达基因。上调最显著的基因通路是免疫系统过程，包括AIM2、IL

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。