衰老影响肌肉干细胞DNA甲基化与转录细胞间变异性 [scRNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE121364

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

与年龄相关的组织改变与干细胞数量和功能的下降有关。转录或表观遗传标记中细胞间变异性的增加被认为是衰老的主要标志之一。在此，我们利用平行单细胞转录组和DNA甲基化组分析，发现衰老小鼠肌肉干细胞中不协调的转录异质性整体增加，以及DNA甲基化异质性的情境依赖性改变。重要的是，甲基化异质性增加的启动子与其所驱动基因的转录异质性增加相关。值得注意的是，与年轻细胞分化的衰老细胞显示出多种细胞外基质相关基因转录的改变。这些发现表明，表观基因组与转录组之间异质性的增加存在关联，并伴随衰老过程中一致性转录网络的退化和干细胞功能的下降。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。