儿童疟疾全血转录组数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1124

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们的目标是发现非洲儿童全血细胞中无症状恶性疟原虫感染（A）、无并发症疟疾（U）、重症疟疾贫血（A）和脑型疟疾（Ce）患者之间以及与他们健康儿童（Co）相比的差异表达基因。理解人类宿主中的疟疾免疫病理学是转录组学研究面临的巨大挑战。在这项工作中，我们使用微阵列和实时RT-PCR技术，以更深入地了解非洲儿童中该疾病的潜在机制。为此，我们研究了健康儿童以及无症状感染、无并发症疟疾、伴有严重贫血的疟疾和脑型疟疾儿童全血中的基因组转录谱，并将其与先前发表的微阵列结果进行了比较。我们能够利用微阵列数据的监督和非监督聚类，以及对已知在至少一种主要血细胞谱系中表达的22个基因集的实时RT-PCR结果的非监督双层次聚类，区分恶性疟原虫感染的不同表现形式。

我们进一步发现，肯尼亚和加蓬有症状疟疾儿童中受调控的基因存在相当大的重叠，这与喀麦隆急性疟疾成人形成对比。有症状疾病中上调基因、单纯性疟疾中特异性上调基因或脑型疟疾中特异性下调基因的启动子中转录因子结合位点特征不同，表明每种临床表现中相似的基因表达可能是转录水平共同调控的结果。免疫球蛋白生成、补体调节和IFNβ信号传导成为单纯性疟疾与所有其他研究临床表现之间差异最大的特征，这与相应基因中的IRF7和ISRE结合特征相关。下调

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。