表皮角质形成细胞中IL-1B与IL-36应答的RNA-seq分析及共享MyD88依赖基因特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE109182

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数据说明

IL-36细胞因子近年来被认为是自身免疫性疾病中的炎症介质，包括寻常型银屑病（PsV）和泛发性脓疱型银屑病（GPP）。本研究采用RNA-seq技术对经IL-1B、IL-36A、IL-36B或IL-36G处理的原代表皮角质形成细胞（KCs）进行转录组分析。我们鉴定出一些IL-1B早期特异性反应（处理后8小时），但几乎所有IL-1B晚期反应均可被IL-36细胞因子复制（处理后24小时）。I型和II型干扰素基因表现出时间依赖性反应模式，早期诱导（8小时），随后无反应或受抑制（24小时）。总之，我们鉴定出225个差异表达基因（DEGs），在两个时间点（8+24小时）对全部4种细胞因子具有共同反应。这些基因涉及配体（IL1A、IL1B、IL36G）和激活蛋白酶（CTSS）的上调，但也涉及抑制剂如IL1RN和IL36RN的上调。共享的IL-1B/IL-36 DEGs与PsV和GPP皮肤病变中改变的基因以及位于与自身免疫和自身炎症性疾病（如PsV、银屑病关节炎、IBD、原发性胆汁性胆管炎）相关的GWAS位点附近的基因存在显著重叠。

使用CRISPR/Cas9技术失活MyD88衔接蛋白，完全消除了这些差异表达基因对IL-1B和IL-36G刺激的表达响应。这些结果提供了表皮角质形成细胞中IL-1B和IL-36表达响应的全局视图，并精细刻画了时间依赖性和细胞因子特异性响应模式。我们的发现支持IL-1B和IL-36在自身免疫或自身炎症性疾病中的重要作用，并表明MyD88衔接蛋白介导了IL-1B/IL-36的共同响应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。