环境扰动对基因表达顺式调控影响的全局分析：PGE2，24小时

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-21726

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数据说明

改变正常基因表达顺式调控的遗传变异（cis-eQTLs）已在人类细胞和组织中被广泛定位，但迄今为止，环境扰动对这些性状的影响程度尚未得到研究。我们利用来自113名无亲缘关系的瑞典裔供体的原代人骨细胞，在18种不同条件下（七种处理、两种载体，每种均在两个时间点评估）采集样本，开展了大规模诱导实验。经两种独立表达芯片验证，对转录组影响最大的处理包括BMP-2（t=2h）、地塞米松（DEX）（t=24h）和PGE2（t=24h）。利用这些处理，我们对18,144条RefSeq转录本进行了表达谱分析，应用了完整研究队列的生物学重复（ntotal=782），并将其与全基因组SNP基因分型数据相结合，以定位处理特异性cis-eQTLs。我们发现，在1% FDR水平下，93%的cis-eQTLs至少在一种额外处理中得到了重复，事实上，平均仅有1.4%的cis-eQTLs被高置信度地认定为处理特异性。

全基因组等位表达检测独立地重申了扰动后顺式调控的相对不变性，其中仅一小部分方差可归因于处理，尽管在处理特异性顺式调控效应在上调或下调基因中丰富2-6倍。我们进一步跟进并验证了MYO6和TNC位点的DEX特异性顺式调控，发现顶级顺式调控变异分别位于转录起始位点上游180和250kb处。我们的结果表明，与顺式eQTL的组织特异性相反，细胞环境与顺式变异之间的相互作用相对罕见（约1.5%），但通过功能基因组工具的组合可以实现对这种特定相互作用的检测。来自约100名无关个体培养的小梁骨细胞的总RNA

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。