环境扰动对基因表达顺式调控影响的全局分析：对照与多种处理，2小时和24小时

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-21727

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数据说明

改变正常基因表达顺式调控的遗传变异（cis-eQTLs）已在人类细胞和组织中被广泛定位，但迄今为止，环境扰动对这些性状的影响程度尚未得到研究。我们利用来自113名瑞典裔无关供者的原代人骨细胞，在18种不同条件下（七种处理、两种载体，每种均在两个时间点评估）采集样本，开展了大规模诱导实验。经两张独立表达芯片验证，对转录组影响最大的处理包括BMP-2（t=2h）、地塞米松（DEX）（t=24h）和PGE2（t=24h）。利用这些处理，我们对18,144条RefSeq转录本进行了表达谱分析，应用了完整研究队列的生物学重复（ntotal=782），并将其与全基因组SNP基因分型数据相结合，以定位处理特异性cis-eQTLs。我们发现，在1% FDR水平下，93%的cis-eQTLs至少在一种额外处理中得到重复，事实上，平均仅有1.4%的cis-eQTLs被高置信度地认定为处理特异性。

全基因组等位基因表达检测独立地重申了扰动后顺式调控的相对不变性，其中仅一小部分方差可归因于处理，尽管在处理特异性顺式调控效应在上调或下调基因中丰度高2-6倍。我们进一步跟进并验证了MYO6和TNC位点的DEX特异性顺式调控，发现顶级顺式调控变异分别位于转录起始位点上游180和250kb处。我们的结果表明，与顺式eQTL的组织特异性相反，细胞环境与顺式变异之间的相互作用相对罕见（约1.5%），但通过结合功能基因组学工具可以实现对这种特定相互作用的检测。从约100个无关个体培养的骨小梁细胞中提取的总RNA

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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