肌源性分化过程中表观遗传景观的全基因组重塑

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-25308

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们通过在小鼠成肌细胞和终末分化的肌管中绘制十种关键组蛋白标记和转录因子的全基因组位置，研究了肌肉分化过程中染色质景观的变化，提供了一个异常丰富的数据集，使发现肌肉发生背后的关键表观遗传变化成为可能。利用这一汇编，我们聚焦于一个众所周知的抑制性标记——组蛋白H3第27位赖氨酸三甲基化，并鉴定了肌细胞生成素基因两侧的新调控元件，这些元件在肌肉发生过程中作为关键的分化依赖性开关发挥作用。接下来，我们通过系统性地敲除PRC1和PRC2复合体的组分，研究了Polycomb介导的H3K27甲基化在基因抑制中的作用。令人惊讶的是，我们发现肌肉分化和谱系定向基因的暂时性与永久性抑制之间存在机制差异，并观察到PRC1和PRC2组分的缺失产生了相反的分化缺陷。这些表型与胚胎干细胞分化相比显示出显著差异，并表明PRC1和PRC2在肌肉细胞中并非顺序运作。

我们对PRC1占据情况的研究还提示了一种“失效安全”机制，即PRC1/Bmi1集中于指定非肌肉谱系的基因上，有助于在分化细胞中Ezh2介导的甲基转移酶活性下降时保留H3K27me3。在增殖中的成肌细胞（MB）和完全分化的肌管（MT）中，对PoII、H3K4me1、H3K4me2、H3K4me3、H3K27me3、H3K36me3、H3K9Ac、H3K18Ac和H4K12Ac进行了定位分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。