来自脾和骨髓的静息记忆、静息初始及体外活化记忆CD8+CD127+ T细胞的基因表达

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-62691

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了解静息状态与活化状态记忆CD8+ T细胞之间的差异，我们比较了离体分离的初始细胞以及脾脏和骨髓记忆细胞与体外活化的脾脏和骨髓记忆细胞的全局基因表达。制备了老年C57BL/6小鼠脾脏和骨骼的单细胞悬液。随后通过流式细胞术分选初始（CD44-CD127+）和记忆（CD44+CD127+）CD8+CD3+ T细胞。分选后的细胞要么立即处理用于RNA制备，要么用抗CD3和抗CD28活化42-44小时。使用NucleoSpin RNA（Macherey-Nagel）提取总RNA。使用Agilent 2100 Bioanalyzer（Agilent，Waldbronn，德国）和NanoDrop ND-1000分光光度计（NanoDrop Technologies，Wilmington，DE）评估每个样本中分离RNA的完整性和数量。使用Message AmpII Biotin（Ambion，美国）从1 μg总RNA合成双链互补RNA。将每个样本15微克片段化的cRNA与MG_U430_2 GeneChips（Affymetrix）以三重复形式杂交。杂交在Hybridization Oven 640中进行，芯片在Fluidics Station 400（均为Affymetrix产品）中洗涤和染色。

最后，使用Affymetrix的GCOS软件1.4版，通过GeneChip Scanner 3000对芯片进行扫描。所有经过质量检查的微阵列相关GCOS数据，均采用高性能芯片数据分析（HPCDA，未发表）方法，在BioRetis数据库（www.bioretis-analysis.de）中进行分析，此过程已按先前描述并验证。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。