基于非侵入性蛋白质组学监测工具在石棉暴露人群中早期检测恶性胸膜间皮瘤
研究基于 SOMAmer 蛋白质组学技术，在 117 例恶性胸膜间皮瘤病例与 142 例石棉暴露对照个体的血清中开展多中心病例对照研究，发现 64 个候选蛋白生物标志物并构建检测模型，可用于石棉暴露高危人群的早期无创监测与分类识别（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）
基本信息
资源简介
基于非侵入性蛋白质组学监测工具在石棉暴露人群中早期检测恶性胸膜间皮瘤
Early Detection of Malignant Pleural Mesothelioma in Asbestos-Exposed Individuals with a Noninvasive Proteomics-Based Surveillance Tool
该数据集来自 plos.figshare.com，配套 2012 年发表于 PLoS ONE 的研究，包含 3 个文件（如 Table_S1.pdf、Table_S2.xlsx、Figure_S1.docx）。研究基于 SOMAmer 蛋白质组学技术，在 117 例恶性胸膜间皮瘤病例与 142 例石棉暴露对照个体的血清中开展多中心病例对照研究，发现 64 个候选蛋白生物标志物并构建检测模型，可用于石棉暴露高危人群的早期无创监测与分类识别（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Early Detection of Malignant Pleural Mesothelioma in Asbestos-Exposed Individuals with a Noninvasive Proteomics-Based Surveillance Tool》发表于 PLoS ONE（2012），DOI：10.1371/journal.pone.0046091。源站首次发布：2012-10-03。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：背景 恶性胸膜间皮瘤（MM）是一种侵袭性、与石棉相关的肺部癌症，发病率正在上升。由于诊断困难且该病相对罕见，大多数患者就诊时已处于临床晚期，治愈可能性极小。为改善高危人群中 MM 的监测和检测，我们完成了一系列临床研究，以开发一种用于早期检测的非侵入性测试。方法/主要发现 我们在 117 例 MM 病例和 142 例石棉暴露对照个体的血清中开展了多中心病例对照研究。生物标志物的发现、验证和确认使用 SOMAmer 蛋白质组学技术进行，该技术可同时测量未分级生物样本中的 1000 多种蛋白质。使用单变量和多变量方法，我们发现了 64 个候选蛋白质生物标志物，并推导出一个 13
【数据结构与技术规格】
文件数 3 个，合计 379.58 KB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0046091。
【主题与分类】
源站学科分类：Cancer、Medicine、Cell Biology、Biotechnology。主题标签：detection、malignant、pleural、mesothelioma、asbestos-exposed、individuals、noninvasive、proteomics-based。本站分类：肌肉骨骼系统疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Cancer、Medicine、Cell Biology、Biotechnology。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Early_Detection_of_Malignant_Pleural_Mesothelioma_in_Asbestos_Exposed_Individuals_with_a_Noninvasive_Proteomics_Based_Surveillance_Tool/119022
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：M. Ostroff, Rachel; R. Mehan, Michael; Stewart, Alex; Ayers, Deborah; N. Brody, Edward; A. Williams, Stephen; et al. (2016). Early Detection of Malignant Pleural Mesothelioma in Asbestos-Exposed Individuals with a Noninvasive Proteomics-Based Surveillance Tool. PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-01，引用时请注意版本时效。
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数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Early Detection of Malignant Pleural Mesothelioma in Asbestos-Exposed Individuals with a Noninvasive Proteomics-Based Surveillance Tool
- DOI：10.1371/journal.pone.0046091
- 发布日期：2012-10-03
- 文件数：3 个
- 文件总体积：379.58 KB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Early_Detection_of_Malignant_Pleural_Mesothelioma_in_Asbestos_Exposed_Individuals_with_a_Noninvasive_Proteomics_Based_Surveillance_Tool/119022
命令行下载
curl -L -o "Table_S1.pdf" "https://ndownloader.figshare.com/files/299391"
curl -L -o "Table_S2.xlsx" "https://ndownloader.figshare.com/files/299408"
curl -L -o "Figure_S1.docx" "https://ndownloader.figshare.com/files/299429"
文件清单
Table_S1.pdf（261.85 KB）Table_S2.xlsx（27.67 KB）Figure_S1.docx（90.06 KB）
文件总体积 379.58 KB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
背景
恶性胸膜间皮瘤（MM）是一种与石棉相关的侵袭性肺癌，其发病率呈上升趋势。由于诊断困难且该病相对罕见，大多数患者就诊时已处于临床晚期，治愈的可能性极小。为改善高危人群中MM的监测与检测，我们完成了一系列临床研究，以开发一种用于早期检测的无创检测方法。方法/主要发现
我们对117例MM患者和142例石棉暴露对照个体的血清开展了多中心病例对照研究。生物标志物的发现、验证和确认采用SOMAmer蛋白质组学技术完成，该技术可同时检测未分级生物样本中超过1000种蛋白质。通过单变量和多变量方法，我们发现了64种候选蛋白质生物标志物，并构建了一个包含13种标志物的随机森林分类器，其在训练集中的AUC为0.99±0.01，在独立盲法验证中为0.98±0.04，在盲法确认研究中为0.95±0.04。在预先设定的决策阈值下，训练集中的敏感性和特异性分别为97%/92%，盲法验证中为90%/95%。
该分类器的准确率在第二个盲法验证集中得以保持，灵敏度/特异度为90%/89%，综合准确率为92%。灵敏度与病理分期相关；I期、II期、III期和IV期病例的检出率分别为77%、93%、96%和96%。在验证研究中，采用另一种决策阈值可获得98%的特异度，仍能检出60%的MM病例。在配对样本集中，该分类器的AUC为0.99，灵敏度/特异度为91%/94%，优于间皮素的AUC 0.82及灵敏度/特异度66%/88%。候选生物标志物组合由炎症蛋白和增殖蛋白组成，这两类过程与石棉诱导的恶性肿瘤密切相关。意义
在这些研究中发现并验证的SOMAmer生物标志物组合，为MM高危人群的监测和诊断提供了坚实的基础。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0046091（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Early_Detection_of_Malignant_Pleural_Mesothelioma_in_Asbestos_Exposed_Individuals_with_a_Noninvasive_Proteomics_Based_Surveillance_Tool/119022）。
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公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
