正常PC、MGUS、SMM和MM中的DNA甲基化

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-43860

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了表征正常浆细胞向骨髓瘤转化过程中的表观基因组变化，我们采用HELP检测法分析了来自56名受试者的CD138+细胞的甲基化组，这些受试者代表了癌前阶段（MGUS）、骨髓瘤早期和晚期阶段以及健康对照。癌前阶段和骨髓瘤早期阶段的浆细胞以显著且广泛的低甲基化为特征。使用HELP检测法［连接介导PCR富集的HpaII小片段］分析了来自8名正常供者、11名意义未明的单克隆丙种球蛋白病（MGUS）患者、4名冒烟型骨髓瘤（SMM）患者、13名新诊断骨髓瘤（NEWMM）患者、16名复发骨髓瘤（REL）患者（包括2名有连续样本的患者）以及2名临床完全缓解（REM）患者的CD138+选择性骨髓浆细胞。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。