数据来源:主要组织相容性复合体IIb多态性影响肠道微生物群组成与多样性
该数据集来自 doi.org,由 Dryad 机构于 2014 年发布,围绕三刺鱼(threespine stickleback)野生群体中主要组织相容性复合体 II 类(MHC II)基因型与肠道微生物群之间的关系

基本信息
资源简介
数据来源:主要组织相容性复合体IIb多态性影响肠道微生物群组成与多样性
Data from: Major Histocompatibility Complex class IIb polymorphism influences gut microbiota composition and diversity
该数据集来自 doi.org,由 Dryad 机构于 2014 年发布,围绕三刺鱼(threespine stickleback)野生群体中主要组织相容性复合体 II 类(MHC II)基因型与肠道微生物群之间的关系。数据可用于分析不同 MHC II 氨基酸序列基序与个体间肠道微生物群变异、特定微生物科相对丰度变化以及 MHC 基序多样性与肠道微生物多样性的关联,属于肌肉骨骼系统疾病/其他分类下的微生物组与免疫遗传学研究资源(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可)。
【数据集背景】
源站首次发布:2014。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):个体携带多种共生细菌群落,这些群落在宿主个体间差异显著。这种异质性带来了免疫学挑战,即如何在多样且宿主特异性的微生物群落中区分互惠成员与致病成员。我们提出,主要组织相容性复合体 II 类(MHC)基因型有助于识别和调节肠道微生物,因此 MHC 多态性促成宿主间的微生物变异。在此,我们证实,在单一野生脊椎动物种群三刺鱼中,不同的 MHC II 氨基酸序列基序与个体间肠道微生物群变异相关。某些 MHC 基序的存在与部分微生物科相对丰度的改变(增加或减少)相关。此外,拥有更多样 MHC 基序的宿主其肠道微生物群多样性更低。我们的结果
【主题与分类】
主题标签:threespine stickleback、MHC、Gasterosteus aculeatus、Mucosal immunity。本站分类:肌肉骨骼系统疾病。
【获取与许可】
源站页面:https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.2s07s
使用许可:Creative Commons Zero v1.0 Universal。
下载信息
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源站:https://doi.org/10.5061/dryad.2s07s
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pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 918.1 KB。
数据说明
个体携带着多样化的共生细菌群落,这些群落在不同宿主个体间差异显著。这种异质性对免疫系统提出了挑战,即如何区分多样且宿主特异性的微生物群落中的互利共生与致病成员。我们提出,主要组织相容性复合体II类(MHC II)基因型有助于识别和调节肠道微生物,因此MHC多态性促进了宿主间微生物的变异。在此,我们证实,在单一野生三刺鱼种群中,不同的MHC II氨基酸序列基序与个体间肠道微生物群的变异相关联。某些MHC基序的存在与一些微生物科的相对丰度变化(增加或减少)有关。此外,拥有更多样化MHC基序的宿主其肠道微生物群多样性较低。我们的结果表明,MHC影响自然种群中宿主对肠道微生物群的调节,这与实验室小鼠中MHC控制肠道微生物的有限实验证据相一致。
一个含义是,MHC可能影响治疗菌群失调相关疾病的治疗策略的效果。例如,我们假设用于治疗菌群失调的微生物移植可能受到供体和受体之间MHC匹配的限制。另一个含义是,大型寄生虫对MHC的选择有可能间接改变宿主肠道微生物群,反之亦然。因此,我们的发现为MHC-微生物群相互作用的进一步研究开辟了多种途径。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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