跨越人类一生的早期造血干细胞分化连续图谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-14596

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们采用BD Rhapsody平台，对来自15名健康供体（涵盖青年、中年和老年组）的62,277个高质量FACS富集的人骨髓造血干细胞和祖细胞（HSPCs）进行了CITE-Seq分析。我们的靶向基因panel包含596个基因，并补充了46种细胞表面蛋白，以覆盖早期HSPC分化和细胞周期状态的最相关标志物。我们展示了早期人类造血干细胞（HSC）分化的分子图谱，并提供了不同年龄组中谱系轨迹早期分支点的证据。我们的数据显示，HSC分支为两个主要谱系，第一个分支点产生巨核细胞和红细胞祖细胞（MKP/ERP），随后是淋巴和髓系祖细胞（LMP/MDP）。正如预期，最不成熟的HSCs由CD34、CD90、CRHBP、HOPX、HLF、MLLT3的高表达所定义。对最不成熟的HSPCs进行重新聚类和轨迹分析证实了早期谱系定向，表明MKP/ERP发育不包括髓系或淋巴祖细胞。在所有年龄组中都观察到了类似的模式。

有趣的是，我们在最不成熟的造血干细胞中观察到新标记基因（HLA-E、DLK1、ADGRG6和MMRN1）及表面蛋白CD273/PD-L2的表达增加。此外，随着分化进程CD38逐渐上调，分化细胞显示出较低的CD45水平。tradeSeq分析确定了早期分化和谱系定向过程中基因的连续单细胞表达变化，使得决策基因网络的检测成为可能。我们的数据进一步证明了人类造血作用具有结构化的层级组织，伴随谱系潜能的顺序丧失，首个分支点进入MEK/ERY谱系，而非单谱系限制性前体细胞的早期定向。我们报告了最不成熟造血干细胞中ADGRG6、DLK1、HLA-E、MMRN1和CD273的上调。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。