TC-1 DNMT TKO mESCs经RMCE及24小时p300抑制后的基于扩增子的单分子足迹分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-16659

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了量化特定转录因子结合与染色质环境在染色质开放中的贡献，我们利用重组介导的盒式交换（RMCE）技术，将包含数百个CRE的文库插入到mESCs中一个位于中性染色质环境内的着陆垫上，该环境缺乏激活或抑制性染色质修饰。随后，通过靶向SMF技术，使用与合成侧翼序列退火的PCR引物对插入片段的染色质可及性进行分析，从而能够明确区分异位位点与其内源性对应物。为了探究H3K27Ac是否有助于增强子处的染色质可及性，我们通过使用小分子A-485化学抑制组蛋白乙酰转移酶p300（处理24小时，最终浓度：3 μM），全局降低了H3K27Ac水平。此操作在同样携带着陆垫上CRE的mESCs中进行。生成的数据集包括来自小鼠细胞（即TC-1三DNA甲基转移酶敲除（DNMT TKO）mESCs）异位位点在DMSO和A-485处理条件下的基于扩增子的SMF数据。每种条件均产生了两个生物学重复。

总之，收集细胞用于SMF，该方法通过重组甲基转移酶标记可及的胞嘧啶，随后进行亚硫酸氢盐测序，以单分子分辨率推断蛋白质-DNA相互作用和染色质可及性。测序文库使用NEBNext DNA Ultra II Library Prep Kit制备，并在Illumina平台上测序，采用MiSeq 250 bp双端测序、MiSeq i100 250 bp双端测序或NextSeq 2000 P1 300 bp双端测序。读数使用TrimGalore进行预处理，并使用自定义R脚本从读数中修剪质粒骨架。之后，预处理后的读数使用QuasR进行比对。进一步分析使用可在https://github.com/Krebslabrep/TF-chromatin.git获取的自定义脚本进行。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。