57个单细胞及克隆扩增与bulk人类细胞的全基因组测序数据
该数据集为57个单细胞(PTA)、克隆扩增及bulk人类细胞的全基因组测序数据,来源于Fanconi贫血或儿童AML患者的骨髓样本、克隆肠道类器官系、人脐带血及人淋巴母细胞系

基本信息
资源简介
57个单细胞及克隆扩增与bulk人类细胞的全基因组测序数据
该数据集为57个单细胞(PTA)、克隆扩增及bulk人类细胞的全基因组测序数据,来源于Fanconi贫血或儿童AML患者的骨髓样本、克隆肠道类器官系、人脐带血及人淋巴母细胞系。数据由omicsdi.org收录,本站归类于肌肉骨骼系统疾病/其他,主题标签为Genomics。测序采用Illumina Novaseq平台,以配对末端方式开展全基因组测序,目标基因组覆盖度约为15-30x。该数据集覆盖多种人类细胞类型与来源,可用于全基因组层面的遗传变异研究,为相关疾病机制探索提供测序数据基础。
【数据集背景】
该数据集的全基因组测序工作围绕多类人类细胞样本展开,涉及Fanconi贫血与儿童急性髓系白血病(AML)患者的骨髓样本,以及克隆肠道类器官系、人脐带血和人淋巴母细胞系等材料。Fanconi贫血是一种与基因组不稳定性相关的疾病,儿童AML则属于血液系统恶性肿瘤,二者在遗传学研究中对全基因组水平的变异解析具有重要价值。通过纳入患者来源的骨髓样本,该数据集为研究上述疾病相关的基因组特征提供了直接的数据来源。同时,数据集中还包含克隆扩增细胞、单细胞及bulk细胞等多种样本形式,有助于在不同细胞层级上观察基因组信息。本站将其归类于肌肉骨骼系统疾病/其他,主题标签为Genomics,反映了其在基因组学与相关疾病研究中的定位。
【数据内容】
该数据集包含57个单细胞(PTA)、克隆扩增及bulk人类细胞的全基因组测序数据。样本来源包括:Fanconi贫血患者的骨髓样本(PMCFANCNN)、儿童AML患者的骨髓样本(PBNNNNN)、克隆肠道类器官系(STE0072/D-ORGWTNISL)、人脐带血(PMCCB15)以及人淋巴母细胞系(PMCAHH1)。测序文库在Illumina Novaseq平台上以配对末端方式测序,基因组覆盖度约为15-30x。数据主题标签为Genomics,整体聚焦于全基因组测序层面的人类细胞遗传信息。
【采集与来源】
样本采集自Fanconi贫血或儿童AML患者的骨髓,另包括克隆肠道类器官系、人脐带血及人淋巴母细胞系。数据来源站为omicsdi.org。源站描述中列出了各样本对应的标识,包括PMCFANCNN、PBNNNNN、STE0072/D-ORGWTNISL、PMCCB15和PMCAHH1。测序在Illumina Novaseq平台上完成,采用配对末端测序策略,目标覆盖度为约15-30x。
【适用场景】
该数据集适用于全基因组测序数据的相关分析场景,包括对Fanconi贫血、儿童AML等疾病来源细胞中基因组变异的检测与研究。由于样本涵盖单细胞(PTA)、克隆扩增及bulk细胞等多种形式,可用于比较不同细胞层级或不同来源样本的基因组特征。此外,克隆肠道类器官系、人脐带血及人淋巴母细胞系等材料,也可为相应细胞类型的全基因组研究提供数据支持。主题标签Genomics表明其适用于基因组学范畴的分析工作。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
测序在Illumina Novaseq平台上以配对末端方式进行,基因组覆盖度约为15-30x。源站未提供其他质量指标或限制说明。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001011126
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
57个单细胞(PTA)、克隆扩增及批量人类细胞的全基因组测序数据。细胞来源于范可尼贫血患者(PMCFANCNN)或儿童急性髓系白血病患者(PBNNNNN)的骨髓样本、一株克隆性肠道类器官系(STE0072/D-ORGWTNISL)、人类脐血(PMCCB15)以及一株人类淋巴母细胞样细胞系(PMCAHH1)。全基因组测序文库在Illumina Novaseq平台上测序至约15-30倍基因组覆盖度(双端)。
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