亚洲女性骨密度降低人群16S测序数据

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Aa26483dd60fd003f3ad11d0869949157c6ffffec57ca4745415b2df5ffad2641

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：骨质减少和骨质疏松症都是绝经后女性常见的骨骼疾病，但其临床表现往往不明显，直至骨丢失引发的骨折发生，才可能危及人身安全并导致其他损伤。这一现象使得骨质疏松人群难以被识别，从而导致患者未能及时接受治疗。作为一项重要的公共卫生问题，骨质减少和骨质疏松症的早期诊断已成为紧迫的临床课题。方法：我们对人体血浆样本进行了代谢组学分析，并对粪便样本进行了16S测序。共有142名女性参与了代谢组学分析，其中仅118人加入了转录组学队列。通过统计学方法，我们成功识别了由代谢物和菌属组成的骨质减少和骨质疏松症相关生物标志物，并建立了早期诊断模型，包括临床特征、经典指标和所选生物标志物。这些m……粪便样本采集于参与者的无菌塑料杯中，并在1小时内于-80°C条件下保存。

使用TIANamp粪便DNA试剂盒（天根，北京，中国）提取微生物DNA，DNA溶液保存于-20°C。提取DNA的浓度通过Nanodrop（分光光度计ND1000）测定，以便进一步扩增。正向Illumina接头序列为CCTACGGGNGGCWGCAG，反向为GACTACHVGGGTATCTAATCC。测序结果依据Qiime2流程进行分析。使用Illumina NovaSeq 6000获取原始测序数据，并应用DADA2对原始数据进行过滤和去噪，这相当于以10%相似度聚类DNA序列[26]。仅去除并校正低质量序列，并利用算法识别去除嵌合体。去噪后的序列直接去冗余以获得特征，包括OTUs、ASVs及其他信息。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。