PRJDB44598：综合甲基化组与转录组分析揭示PI犊牛特异性生物标志物（PRJCA056984）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJDB44598

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究收集了4对健康的母牛-犊牛和5对特洛伊母牛-PI犊牛进行基因组、转录组和甲基化组测序。我们利用基因组数据进行亲子鉴定以验证系谱记录，同时评估BVDV整合到宿主基因组的可能性。通过转录组分析，我们探究了PI犊牛、特洛伊牛和正常牛之间的分子水平差异。通过整合甲基化数据，我们进一步识别了可能调控PI牛和特洛伊牛基因表达变化的甲基化特征。最后，我们将PI犊牛的甲基化数据与特洛伊母牛、正常犊牛和正常母牛的甲基化数据进行比较，以识别PI犊牛特异性甲基化标记。本研究的目的是加深对PI牛健康状况的理解，并提供可能有助于改进诊断策略的新见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。