登革热患者与健康对照外周血m⁷G MeRIP-seq与RNA-seq图谱
该数据集包含4例登革热患者与4例健康对照外周全血的m⁷G MeRIP-seq和RNA-seq数据。总RNA片段化至约200 nt并加入合成m⁷G阳性与未修饰阴性对照,用m⁷G特异性抗体偶联Protein A/G磁珠进行免疫沉淀,input RNA保留作对照并用于转录组定量

基本信息
资源简介
登革热患者与健康对照外周血m⁷G MeRIP-seq与RNA-seq图谱
m⁷G MeRIP-seq and RNA-seq profiling of peripheral whole blood from dengue patients and healthy controls
该数据集包含4例登革热患者与4例健康对照外周全血的m⁷G MeRIP-seq和RNA-seq数据。总RNA片段化至约200 nt并加入合成m⁷G阳性与未修饰阴性对照,用m⁷G特异性抗体偶联Protein A/G磁珠进行免疫沉淀,input RNA保留作对照并用于转录组定量。IP与input文库经GenSeq® Low Input Whole RNA Library Prep Kit构建,在Agilent 2100 Bioanalyzer上质检,于DNBSEQ-T7平台以双端150 bp测序,每文库约4000万reads。原始数据为FASTQ,处理后数据包括m⁷G peak calls(BED格式)和基于input文库的基因表达矩阵。
【数据集背景】
源站首次发布:Aug 27 202。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):该数据集包含来自4名登革热患者和4名健康对照的全血m⁷G MeRIP-seq和RNA-seq图谱。总RNA被片段化至约200 nt,并掺入合成的含m⁷G阳性对照和未修饰阴性对照。使用偶联到Protein A/G磁珠上的m⁷G特异性抗体进行免疫沉淀;input RNA保留作为对照,同时也作为转录组定量(RNA-seq)的基础。IP和input组分的文库均使用GenSeq® Low Input Whole RNA Library Prep Kit构建,在Agilent 2100 Bioanalyzer上质检,并在DNBSEQ-T7平台上以双端150 bp模式测序,每个文库产生约4000万条reads。原始数据以FASTQ文件提供;处理后数据包括m⁷G peak calls(BED格式)和源自input文库的基因表达矩阵。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:Other、GPL29480、9606。本站分类:感染/病毒感染。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE345245
【使用注意】
· 源站最后修改于 Sep 30 202,引用时请注意版本时效。
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含4名登革热患者和4名健康对照者全血的m⁷G MeRIP-seq和RNA-seq图谱分析。总RNA被片段化为约200 nt,并掺入含m⁷G的合成阳性对照和未修饰的阴性对照。使用偶联至Protein A/G磁珠的m⁷G特异性抗体进行免疫沉淀;input RNA被保留作为对照,同时也作为转录组定量(RNA-seq)的基础。IP和input组分的文库均使用GenSeq® Low Input Whole RNA Library Prep Kit构建,在Agilent 2100 Bioanalyzer上质检,并在DNBSEQ-T7平台上以双端150 bp模式测序,每个文库产生约4000万条reads。原始数据以FASTQ文件形式提供;处理后数据包括m⁷G峰调用(BED格式)和源自input文库的基因表达矩阵。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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