超越菌落形成单位:骨髓炎快速细菌评估

该数据集包含通过牛津纳米孔测序平台生成的细菌基因组序列数据,来源于3名人工关节感染患者的临床骨标本,数据模态为DNA序列。该数据集旨在比较传统菌落形成单位计数与细菌基因组拷贝数之间的差异,为骨髓炎等感染性疾病的细菌定量提供更准确的评估方法,主要用于感染性疾病机制研究、细菌定量方法开发及临床诊断辅助等研究方向。

DataONE
2024-05-27 更新
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感染性疾病分子生物学

基本信息

创建/更新时间
2024-05-27

资源简介

该数据集是一个专注于骨髓炎(特别是人工关节感染)细菌评估的基因组数据集。数据集包含通过牛津纳米孔测序平台生成的细菌DNA序列数据,来源于3名人工关节感染患者的临床骨标本。数据通过细菌靶向PCR扩增后测序获得,旨在比较传统菌落形成单位计数与细菌基因组拷贝数之间的差异,为骨髓炎等感染性疾病的细菌定量提供更准确的评估方法。该数据集主要用于感染性疾病机制研究、细菌定量方法开发及临床诊断辅助研究。

原始链接

https://search.dataone.org/view/sha256:13c1ad701d7953b1c9edf0b8c0820f6a146201d397bbfc6c69848a74da77b727

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数据说明

该数据集是一个专注于骨髓炎(特别是人工关节感染)细菌评估的基因组数据集。数据集包含通过牛津纳米孔测序平台生成的细菌DNA序列数据,来源于3名人工关节感染患者的临床骨标本。数据通过细菌靶向PCR扩增后测序获得,旨在比较传统菌落形成单位计数与细菌基因组拷贝数之间的差异,为骨髓炎等感染性疾病的细菌定量提供更准确的评估方法。该数据集主要用于感染性疾病机制研究、细菌定量方法开发及临床诊断辅助研究。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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