小儿骨关节感染遗传分析数据集

数据集获取

源站：https://datadryad.org/stash/dataset/doi:10.5061/dryad.2280gb5vj

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集是一项针对小儿骨关节感染（OAIs）的前瞻性研究，旨在通过基因组学方法分析金黄色葡萄球菌（S. aureus）的致病机制。数据集包含2016年至2019年间从18岁以下患儿中收集的临床和微生物学数据，覆盖急性骨髓炎、急性化脓性关节炎、慢性骨髓炎以及同时患有化脓性关节炎和骨髓炎的患者群体。此外，还包括了来自皮肤软组织脓肿患儿和无症状皮肤定植健康对照者的金黄色葡萄球菌分离株作为对照。数据集整合了详细的临床信息、微生物学分离株、全基因组测序数据（包括组装统计如总长度、N50等）、毒力基因分析、系统发育树构建以及静态生物膜测定实验结果。主要研究方向包括比较不同感染类型和对照组之间金黄色葡萄球菌的基因组特征、毒力因子分布、系统发育关系以及生物膜形成能力，以探索细菌遗传因素与感染严重程度和临床表现之间的关联。

数据加载示例（表格/文本类）

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))