PRJDB6504：淋病奈瑟菌基因组监测补充数据集

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PRJDB6504：淋病奈瑟菌基因组监测补充数据集

PRJDB6504 是淋病奈瑟菌基因组监测的一项补充数据集，归类于感染／性传播疾病方向，数据来自 NCBI。该数据集围绕淋病奈瑟菌（Neisseria gonorrhoeae）的菌株收集与基因组测序展开，汇集了不同年代、不同地区分离的菌株，包括 2011 至 2014 年京都与大阪的 6 株 ST7363 菌株（cefixime MIC < 0.016）、2015 年宫城、埼玉、爱知和岐阜的 40 株 ST7363 菌株，以及 1996 至 2000 年神奈川采样的 1 株 ST7363 和 20 株 ST1901 历史菌株。主题标签为 Genome sequencing，整体定位是既有淋病奈瑟菌基因组监测工作的补充数据，为相关菌株的分子特征与耐药背景研究提供序列资源。

【数据集背景】

淋病奈瑟菌是淋病的病原体，其耐药性演变与克隆传播一直是公共卫生监测的重点。该数据集作为淋病奈瑟菌基因组监测的补充数据而建立，目的在于扩充监测体系中可用的菌株与基因组信息。从菌株构成看，数据覆盖了 ST7363 与 ST1901 两类序列型，时间跨度从 1996 年至 2015 年，地理上涉及京都、大阪、宫城、埼玉、爱知、岐阜和神奈川等地，体现了对日本不同地区、不同时期淋病奈瑟菌分离株进行补充性基因组监测的意图。源站未提供该数据集建立的具体项目背景与组织方式。

【数据内容】

数据集包含三部分菌株：其一为 2011 至 2014 年在京都和大阪分离的 6 株 ST7363 菌株，其 cefixime 最小抑菌浓度（MIC）均小于 0.016；其二为 2015 年在宫城、埼玉、爱知和岐阜分离的 40 株 ST7363 菌株；其三为 1996 至 2000 年在神奈川采样的历史菌株，包括 1 株 ST7363 和 20 株 ST1901。数据主题为基因组测序，因而其核心内容应为上述菌株的基因组序列数据。源站未提供各菌株的测序平台、组装水平、序列文件数量与数据量等具体技术信息。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。菌株的分离地区与年份为：京都、大阪（2011—2014 年），宫城、埼玉、爱知、岐阜（2015 年），神奈川（1996—2000 年采样）。菌株序列型包括 ST7363 与 ST1901，其中第一部分菌株附有 cefixime MIC < 0.016 的表型信息。源站未提供样本采集的临床背景、纳入标准、伦理审批及具体提交单位等信息。

【适用场景】

该数据集可用于淋病奈瑟菌不同序列型（ST7363、ST1901）及不同年代、地区分离株的基因组比较研究，也可用于探讨与 cefixime 敏感性相关的菌株特征，以及历史菌株与近期菌株之间的基因组关系分析。作为基因组监测的补充数据，其适用方向包括分子流行病学分析与耐药相关背景调查。源站未提供具体的应用案例或验证结论。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI 获取该数据集对应的序列数据，并结合菌株的分离地区、年份、序列型及 cefixime MIC 信息开展分组分析。源站未提供数据下载格式、文件组织方式、分析流程或配套工具等使用说明。

【质量与限制】

该数据集为补充性数据，菌株数量有限，各部分规模分别为 6 株、40 株和 21 株，且地理与时间覆盖不均衡，不宜直接外推为更广泛人群或地区的代表性结论。cefixime MIC 信息仅见于第一部分菌株。源站未提供测序质量指标、组装完整性评估及数据质控细节。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可条款，使用时应遵循 NCBI 的相关数据使用政策。