通腑平喘汤治疗脓毒症大鼠盲肠组织转录组测序

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE290624

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在探讨中药通腑平喘汤（TFP）对脓毒症大鼠盲肠的保护机制。将30只大鼠随机分为三组：假手术组、模型组（通过盲肠结扎穿孔诱导脓毒症）和TFP组（脓毒症给予TFP治疗）。大鼠每日两次灌胃给予1 mL/kg TFP或PBS，持续一周，之后采集全血和盲肠组织。每组取6份盲肠组织进行转录组测序。通过生物信息学分析预测TFP的潜在机制，随后在盲肠组织和RAW264.7细胞培养中进行验证。我们发现，与假手术组相比，模型组中TNF信号通路、补体和凝血级联、脂肪酸代谢以及PPAR信号通路等被激活，而胆碱能突触、ECM-受体相互作用和VSMC收缩被抑制。这些变化在TFP组中大部分被逆转。Chrm4和Pygm被鉴定为潜在的TFP靶点，因为它们是预测的TFP靶点与所识别的感兴趣WGCNA模块中重叠的差异表达基因（DEGs）。

Chrm4在模型组中表达下调，经TFP处理后恢复。在模型组中，M1型巨噬细胞被诱导，而M2型巨噬细胞受到抑制。TFP抑制M1型巨噬细胞并进一步增强M2型巨噬细胞。这些效应在LPS刺激的RAW264.7细胞中得到证实，其中TFP同样调节了细胞因子水平（IL-6、IL-10、TNF-α）。TFP的效应被Boc-2（一种PCTR1抑制剂）或Chrm4沉默所抵消。此外，TFP抑制了LPS处理的RAW264.7细胞中IL1RN、p-ERK2/ERK2和p-AKT/AKT水平，但这些效应在Chrm4沉默后被消除。综上所述，我们表明TFP通过促进Chrm4/IL1RN调控的巨噬细胞极化和促进炎症消退来缓解脓毒症。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。