通过检测重症感染患者血液中微生物DNA诊断败血症

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT00709358

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：发热性中性粒细胞减少症、心内膜炎、严重脓毒症。我们将评估在发热性中性粒细胞减少症、疑似感染性心内膜炎及重症监护病房严重脓毒症病例中，将分子检测加入常规微生物学检查（血培养及其他）的优势。这是一项前瞻性研究，在18个中心开展（巴黎地区7个，法国各地11个），将纳入约2000名18岁以上的患者。各中心随机分组，先进行为期6个月的检测期或为期6个月的未检测期（采用标准诊疗的对照期）。主要结局为确诊菌血症或真菌血症的患者数量。次要结局为：（1）接受适当抗感染治疗的患者数量及诊断后开始治疗的时间；（2）死亡率；（3）新发复杂性感染；（4）为病因诊断所做的检查（微生物学及非微生物学）数量，以及总体住院费用。新检测的优势将按方案分析和意向性治疗分析进行评估。

我们假设，与标准诊疗相比，新检测方法将使微生物学诊断率提高15%。因此，根据有意参与研究的中心数量，将纳入166至2500例患者，其中发热性中性粒细胞减少症患者480至750例，重症监护病房（ICU）中的严重脓毒症患者1000至1500例。对于疑似感染性心内膜炎的患者，将依据Duke标准评估真性心内膜炎的诊断例数及诊断所需时间。卫生经济学评价将比较住院费用、包括新检测方法在内的微生物学检查费用、其他非临床检查费用以及对组织管理的影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。