布氏锥虫VSG RNAi 1天或3天敲低数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MEXP-1528

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

作为研究布氏锥虫转录组响应性的另一项策略，我们利用RNAi抑制了一种极为重要的蛋白质——变异表面糖蛋白（VSG）的mRNA，VSG是血流期的主要表面蛋白。VSG RNAi导致血流期细胞周期进程停滞。此外，我们还利用RNAi抑制了内吞作用中一种极为重要的蛋白质——网格蛋白重链（CLH）的mRNA。CLH敲低导致内吞作用完全阻断。我们假设，如果锥虫能够感知运输过程的改变并对这些变化作出响应，那么通过RNAi耗竭这些ORF预计会在转录组水平引发响应。第1部分：使用2个生物学重复的SMB细胞，转染VSG-RNAi载体后在正常条件下培养（非诱导），以及2个重复的相同细胞用1 μg/ml四环素处理（诱导）24小时，并采用染料交换。

第2部分：使用在正常条件（非诱导）下生长的转染VSG-RNAi载体的SMB细胞的2个生物学重复，以及用1 μg/ml四环素（诱导）处理3天的相同细胞的2个重复，并采用染料交换。第3部分：使用在正常条件（非诱导）下生长的转染CLH-RNAi载体的SMB细胞的3个生物学重复，以及用1 μg/ml四环素（诱导）处理的相同细胞的3个重复，并采用染料交换。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。