恶性疟原虫基因组转座子插入突变数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB31716

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目旨在利用定量插入位点测序（QIseq）方法——一种基于Illumina测序技术鉴定piggyBac转座子插入位点的方法——通过实验鉴定并验证人类主要疟疾寄生虫恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）不同生活史阶段中的关键过程与通路。此前，我们将QIseq与优化的piggyBac转染技术相结合，在恶性疟原虫全基因组范围内构建了超过30,000个单一随机插入。该数据集使我们得以识别在常规体外培养条件下对红内期生长必需和非必需的基因与通路。在本研究中，我们正将该方法拓展至寄生虫生活史的其他阶段，特别是涉及向蚊媒传播的阶段，同时还在测定大规模突变体库对药物及其他表型压力（如热休克）的响应。这些实验将产生关于恶性疟原虫基因组的有价值的功能信息——该基因组的大部分区域目前仍未被研究——从而为更广泛的科研群体提供宝贵的资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。