重症疟疾与轻症疟疾儿童的配对全血转录谱
该数据集来自一项纵向研究，包含5名马拉维儿童的全血转录组数据，这些儿童先出现重症恶性疟原虫疟疾，一个月后再次出现轻症疟疾
基本信息
资源简介
重症疟疾与轻症疟疾儿童的配对全血转录谱
该数据集收录了来自马拉维的5名儿童的全血转录组配对样本，记录了这些儿童先后经历重症恶性疟原虫疟疾与轻症疟疾两次临床发作时的基因表达情况。研究采用纵向随访设计，每位儿童在重症发作就诊时采集一份血样，约一个月后因轻症疟疾再次就诊时采集第二份血样，形成5对配对的转录谱数据。样本经RNA提取后，杂交于Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0 ST Array芯片，通过配对分析策略识别与不同临床表现相关的转录本。数据集主题归属于转录组学，本站分类为感染／寄生虫病，来源站为omicsdi.org。该资源可用于探索宿主在全血中应对重症与轻症疟疾时的差异表达特征。
【数据集背景】
疟疾由疟原虫感染引起，恶性疟原虫是致病性最强的虫种之一，儿童是重症疟疾的高危人群。同一宿主在短时间内先后经历重症与轻症疟疾发作，为在个体内部比较不同临床严重程度下的宿主转录反应提供了独特机会。该数据集正基于这一纵向观察场景建立，聚焦于全血这一易于采集且能反映系统性免疫与炎症状态的组织，试图通过基因表达层面的配对比较，揭示与重症表现相关的转录特征。研究以5名马拉维儿童为对象，属于小样本、个体内配对设计，强调同一儿童两次发作之间的自身对照。
【数据内容】
数据集包含5名马拉维儿童的全血转录组数据，每名儿童提供一对样本，分别对应重症恶性疟原虫疟疾发作和一个月后轻症疟疾发作时的采血结果，总计5对配对样本。检测平台为Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0 ST Array，属于全基因组表达谱芯片，覆盖人类基因转录本。数据以转录谱形式呈现，可用于比较两次临床发作之间转录本表达水平的差异。主题标签为Transcriptomics，表明其核心内容为转录组层面的测量结果。除上述信息外，源站未提供关于具体差异基因数量、表达倍数变化阈值、原始信号强度分布或注释版本的进一步说明。
【采集与来源】
样本采集自一项针对马拉维儿童的纵向研究。每名儿童在重症恶性疟疾发作就诊时采集血样，约一个月后因轻症疟疾再次就诊时采集第二份血样。血样经RNA提取后，与Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0 ST Array进行杂交，获得全血转录组数据。研究采用配对分析策略，以个体内比较的方式处理两次发作的样本。数据来源站为omicsdi.org，本站分类归入感染／寄生虫病。关于采样地点、时间跨度、伦理审批、受试者招募细节及样本处理的具体流程，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于宿主—病原体相互作用研究，尤其是恶性疟原虫感染中宿主全血转录反应与临床严重程度关联的探索。由于采用个体内配对设计，可用于识别在重症与轻症发作之间表达发生变化的转录本，帮助研究者提出与重症疟疾相关的候选生物标志物或免疫通路假说。也可用于转录组数据分析方法的教学与测试，例如配对差异表达分析流程的演示。此外，该数据可作为疟疾相关转录组研究的对照或补充资源，用于跨数据集比较。需要强调的是，其样本量有限，适用场景应侧重于假设生成而非确证性结论。
【使用方法】
使用该数据集时，可依据配对设计进行差异表达分析，将同一儿童的重症样本与轻症样本配对比较，以控制个体间遗传与基线差异。分析前通常需要对芯片原始信号进行预处理与标准化，但源站未提供具体的预处理参数或推荐流程。由于平台为Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0 ST Array，分析者需自行准备相应的注释信息与比对工具。对于下游功能分析，如通路富集或基因集分析，源站未提供预设的分析结果或推荐参数。使用时应关注配对结构与样本对应关系，确保重症与轻症样本正确配对。
【质量与限制】
该数据集的主要限制在于样本量小，仅包含5名儿童、5对配对样本，统计效力有限，结果的外推需谨慎。研究仅涉及马拉维儿童这一特定人群，人群代表性有限。数据为全血转录组，反映的是外周血细胞的混合表达信号，无法直接区分具体细胞类型的贡献。此外，源站未提供关于数据质量控制指标、缺失值处理、批次效应校正或技术重复的详细信息。关于临床元数据（如寄生虫密度、发热程度、治疗情况）的完整程度，源站未提供。使用者在解释结果时应充分考虑上述局限。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式、许可条款或使用限制说明。使用者在引用或再利用该数据前，应自行查阅来源站omicsdi.org上的原始记录，以获取准确的引用信息与许可要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-33811
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
来自一项纵向研究的5名马拉维儿童的全血转录组，这些儿童首次就诊时患有严重的恶性疟原虫疟疾，并在一个月后因轻度疟疾返回就诊。我们使用微阵列来识别与每种临床表现相关的转录本。在5名马拉维儿童（共n=5对）的严重和轻度疟疾发作期间，就诊时采集了血样，随后进行RNA提取，并使用配对分析在Affymetrix GeneChip Human Gene 1.0 ST Array上进行杂交。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
