基本信息

模态

蛋白质

创建/更新时间

2026-10-12

资源简介

恶性疟原虫全生物体 GiRBC SC 蛋白质组数据集（Tao, mcp, 2014）

该数据集名为 P.falciparum - Whole organism, Girbc, SC (Tao,mcp,2014)，收录于 omicsdi.org，主题标签为 Proteomics，属于感染 / 寄生虫病分类。其研究对象为恶性疟原虫（P. falciparum）全生物体的 GiRBC 样本，源站描述指出其丰度基于谱计数（Spectral counting）获得，并给出了 GiRBC、相互作用一致性评分 2.9 以及覆盖度 88 等参数。整体来看，这是一份围绕恶性疟原虫感染红细胞样本、以蛋白质组学谱计数为定量基础的公开数据集，可用于寄生虫病相关蛋白质表达与相互作用研究。

【数据集背景】

恶性疟原虫是疟疾的主要病原体之一，其与宿主红细胞之间的相互作用是感染与致病机制研究的重要环节。该数据集以全生物体为研究对象，聚焦 GiRBC 样本，属于感染 / 寄生虫病分类下的蛋白质组学资源。数据集名称中包含 Tao、mcp、2014 等标识，提示其与特定研究团队及发表年份相关。源站未提供更详细的研究背景、课题目标或实验设计动机。

【数据内容】

该数据集的核心内容为基于谱计数（Spectral counting）的丰度信息。源站描述中明确列出 GiRBC、相互作用一致性评分 2.9、覆盖度 88 等参数。谱计数是一种蛋白质组学中常用的半定量策略，通过统计鉴定到的肽段谱图数量来反映蛋白质相对丰度。主题标签为 Proteomics，说明数据主体属于蛋白质组学范畴。除上述参数外，源站未提供具体的蛋白质列表、肽段数量、样本分组或定量矩阵等细节。

【采集与来源】

该数据集来源站为 omicsdi.org，属于公开的组学数据索引平台。数据集名称中的 GiRBC 指向恶性疟原虫感染红细胞相关样本，研究对象为恶性疟原虫全生物体。源站描述提及相互作用一致性评分与覆盖度，表明数据可能涉及蛋白质相互作用或鉴定覆盖情况的评估。关于具体的样本制备、质谱平台、实验流程、采样时间与地点等信息，源站未提供。

【适用场景】

基于其分类与主题，该数据集可适用于感染 / 寄生虫病领域的蛋白质组学分析，尤其是围绕恶性疟原虫全生物体及 GiRBC 样本的蛋白质丰度比较、候选蛋白筛选或相互作用一致性评估等研究方向。谱计数数据常用于不同样本或条件间的相对丰度比较，也可作为后续靶向验证或机制研究的参考。由于源站未提供完整的实验设计与样本元数据，具体适用场景需结合原始研究文献进一步确认。

【使用方法】

该数据集可通过来源站 omicsdi.org 获取。使用时应关注其定量基础为谱计数，理解该策略在相对定量中的特点与局限。源站描述中的相互作用一致性评分 2.9 与覆盖度 88 可作为评估数据质量或结果可靠性的参考指标。关于数据格式、下载方式、是否提供原始谱图或衍生定量表等信息，源站未提供，建议使用者访问来源站页面查看最新说明。

【质量与限制】

源站提供了覆盖度 88 与相互作用一致性评分 2.9 两项参数，可作为数据质量的部分参考。但谱计数本身属于半定量方法，其准确性受鉴定深度、样本复杂度及重复性等因素影响。此外，源站未提供样本量、重复次数、统计分析方法、阈值设定及验证实验等信息，因此无法对数据质量进行全面评估。使用者应结合原始发表文献与自身分析需求谨慎解读。

【引用与许可】

数据集名称中包含 Tao、mcp、2014 等标识，提示其可能与特定研究团队及发表年份相关，使用时应参考原始研究文献进行规范引用。关于该数据集的具体许可协议、使用条款、是否允许再分发或商业使用等信息，源站未提供。建议使用者访问 omicsdi.org 对应页面，查阅其许可与引用要求。

原始链接

https://omicsdi.org/dataset/paxdb/3294826571

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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/paxdb/3294826571

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

abundance based on Spectral counting, GiRBC, Interaction consistency score: 2.9, Coverage: 88

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别