犬恶丝虫microRNA深度测序发现与分析
本数据集来自omicsdi.org,属于感染/寄生虫病分类,主题标签为Transcriptomics。数据针对人畜共患寄生虫犬恶丝虫(Dirofilaria immitis)成虫,采用Illumina/Solexa深度测序技术对其小RNA进行表征,样本为4只成虫混合

基本信息
资源简介
犬恶丝虫microRNA深度测序发现与分析
本数据集围绕人畜共患寄生虫犬恶丝虫(Dirofilaria immitis)成虫的小RNA展开,采用Illumina/Solexa深度测序技术进行表征,旨在理解microRNA在该寄生虫复杂生物学过程中的参与方式。数据来源于omicsdi.org,归入感染/寄生虫病分类,主题标签为Transcriptomics。样本为4只成虫混合,属于转录组学层面的小RNA研究。该数据集提供了对犬恶丝虫成虫小RNA进行深度测序分析的初始尝试,可用于探索microRNA在该寄生虫生物学中的潜在作用。整体而言,该数据集聚焦于寄生虫感染领域,以高通量测序手段获取小RNA信息,为后续相关研究提供基础数据支持。
【数据集背景】
犬恶丝虫是一种人畜共患寄生虫,其复杂生物学过程涉及多种分子调控机制。为了解microRNA如何参与该寄生虫的复杂生物学过程,相关研究对犬恶丝虫成虫的小RNA进行了表征。该数据集正是这一研究背景下的初始尝试,属于感染/寄生虫病分类,主题标签为Transcriptomics。源站描述指出,研究目的是理解microRNA如何参与该人畜共患寄生虫的复杂生物学。该数据集来自omicsdi.org,聚焦于犬恶丝虫成虫的小RNA层面,为寄生虫病相关转录组学研究提供数据资源。
【数据内容】
该数据集的内容为犬恶丝虫成虫的小RNA深度测序数据。具体而言,研究采用Illumina/Solexa深度测序技术对成虫小RNA进行表征,样本为4只成虫混合。源站描述提到,这是对犬恶丝虫成虫小RNA进行表征的初始尝试。数据主题标签为Transcriptomics,表明其属于转录组学范畴。数据集英文名称为MicroRNA discovery and analysis of Dirofilaria immitis by deep sequencing.,直接反映了其研究内容为通过深度测序发现和分析犬恶丝虫的microRNA。除上述信息外,源站未提供更详细的数据内容描述。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。源站描述显示,研究使用Illumina/Solexa深度测序技术,对4只成虫混合样本进行小RNA表征。样本对象为犬恶丝虫成虫,属于人畜共患寄生虫。采集方式为深度测序,样本为混合成虫。除来源站为omicsdi.org、样本为4只成虫混合、采用Illumina/Solexa深度测序技术外,源站未提供其他采集与来源细节。
【适用场景】
该数据集适用于感染/寄生虫病领域的转录组学研究,尤其是针对犬恶丝虫microRNA的发现与分析。由于主题标签为Transcriptomics,其可应用于小RNA层面的转录组分析场景。研究目的为理解microRNA如何参与该人畜共患寄生虫的复杂生物学,因此该数据集可用于探索microRNA在犬恶丝虫生物学中的潜在作用。此外,该数据集也可作为寄生虫病相关深度测序研究的参考数据。除上述适用方向外,源站未提供其他具体适用场景。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。该数据集采用Illumina/Solexa深度测序技术获得,样本为4只成虫混合,主题标签为Transcriptomics。使用者可依据转录组学和小RNA分析的一般流程进行处理,但源站未提供针对该数据集的具体使用步骤、分析工具或操作指南。
【质量与限制】
源站未提供关于该数据集质量与限制的具体说明。已知信息为:研究采用Illumina/Solexa深度测序技术,样本为4只成虫混合,属于初始尝试。除上述内容外,源站未提供数据质量评估、覆盖度、重复性、偏差或其他限制条件的信息。
【引用与许可】
源站未提供引用与许可相关信息。该数据集来源于omicsdi.org,英文名称为MicroRNA discovery and analysis of Dirofilaria immitis by deep sequencing.,属于感染/寄生虫病分类,主题标签为Transcriptomics。除上述信息外,源站未提供引用格式、许可协议或使用条款等内容。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-35646
标准获取流程:
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为了理解微小RNA如何参与这种人畜共患寄生虫的复杂生物学过程,我们描述了利用Illumina/Solexa深度测序技术对成年犬恶丝虫小RNA进行初步表征的尝试。对4个不同的成年犬恶丝虫(混合样本)的检查
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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