恶性疟原虫在疟疾感染患者中的不同生理状态

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE9152

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

感染恶性疟原虫的患者表现出多样的疾病结局；我们希望确定从体内直接分离出的寄生虫是否具有多样的生物学状态。为了探究寄生虫的体内生物学特性，我们利用先前报道的基于实验室株3D7定制的Affy芯片（Scrmalaria），测量了寄生虫稳态下的全基因组转录情况。进行了广泛的生物信息学分析，包括与酵母的跨物种比较。为了进行样本聚类分析，通过将基因表达水平阈值设定为最低50EU，并移除数据集中变化小于3倍或100EU的任何基因，生成了一个包含3937个基因的过滤基因列表。为了尽量减少不同采集日期和杂交批次可能带来的影响，数据按表达水平进行了秩排序，并为每个基因分配了一个序数值。关键词：体内直接分离

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。