疟疾疫苗试验表达数据(HG-U133A2.0 与 U133 Plus 2.0)
该数据集来自一项疟疾疫苗试验,使用 HG-U133A2.0 和 U133 Plus 2.0 芯片进行表达谱检测。志愿者在入组时、第三次接种当天及接种后 24 小时、72 小时、两周以及攻毒后 5 天接受评估

基本信息
资源简介
疟疾疫苗试验表达数据(HG-U133A2.0 与 U133 Plus 2.0)
Expression data from a malaria vaccine trial (HG-U133A2.0 and U133 Plus 2.0)
该数据集来自一项疟疾疫苗试验,使用 HG-U133A2.0 和 U133 Plus 2.0 芯片进行表达谱检测。志愿者在入组时、第三次接种当天及接种后 24 小时、72 小时、两周以及攻毒后 5 天接受评估。39 名疫苗接种者中 13 人获得保护、26 人未获保护,11 人出现延迟发作的寄生虫血症,所有感染对照均出现寄生虫血症。研究通过 PAM-R 识别与保护相关的基因,并用 GSEA 找到第三次免疫后、攻毒前与保护相关的基因集,可用于疟疾疫苗保护性免疫的转录组分析(来源 NCBI)。
【数据集背景】
源站首次发布:Sep 29 200。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):志愿者在研究入组时、第三次接种当天以及接种后 24 小时、72 小时、两周和攻毒后 5 天接受评估。39 名疫苗接种者中 13 人获得保护,26 人未获保护。11 名疫苗接种者表现出寄生虫血症延迟发作。所有感染对照均出现寄生虫血症。Prediction Analysis of Microarrays (PAM-R) 识别出与保护相关的基因。Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) 识别出第三次免疫后、攻毒前与保护相关的基因集。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签:Expression profiling by array、GPL570、9606。本站分类:感染/寄生虫病。
【获取与许可】
源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE18323
【使用注意】
· 源站最后修改于 Mar 25 201,引用时请注意版本时效。
下载信息
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pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
志愿者在研究入组时、第三次疫苗接种当天以及接种后24小时、72小时、两周和攻毒后5天接受评估。39名疫苗接种者中有13人受到保护,26人未受到保护。11名疫苗接种者出现寄生虫血症延迟发作。所有感染对照均出现寄生虫血症。微阵列预测分析(PAM-R)识别出与保护相关的基因。基因集富集分析(GSEA)识别出在第三次免疫后、攻毒前与保护相关的基因集。第三次免疫后、攻毒前,免疫蛋白酶体通路中基因的差异表达可区分受保护者和未受保护者。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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