3D7株恶性疟原虫全红细胞内发育周期时间进程转录组
该数据集为恶性疟原虫3D7株在48小时完整红细胞内发育周期中的时间进程转录组数据，每2小时采集一次RNA样本，共覆盖整个发育周期
基本信息
资源简介
3D7株恶性疟原虫全红细胞内发育周期时间进程转录组
GSE149865 是一个聚焦恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）3D7 株时间进程转录组的数据集，来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），在本站归类于感染 / 寄生虫病方向。该数据集围绕恶性疟原虫在完整红细胞内发育周期中的基因表达变化展开，通过在 48 小时周期内每 2 小时采集一次 RNA 样本，构建了覆盖整个发育过程的时间序列转录组图谱。数据集由 Grennady 与 Wirjanata 提交，发布时间为 202 年 5 月 4 日（原文如此），主题涉及表达谱芯片分析，相关平台编号为 GPL18893，分类编号为 5833。数据集共包含 1 个文件，样例文件为 GSE149865_series_matrix.txt.gz，适合用于研究疟原虫在红细胞内发育各阶段的转录动态。
【数据集背景】
恶性疟原虫是导致疟疾的主要病原体之一，其生活史中在人类红细胞内完成无性繁殖的发育周期，这一阶段与疾病的临床症状密切相关。理解寄生虫在红细胞内发育过程中基因表达的时间规律，是研究其致病机制、代谢适应以及潜在药物靶点的重要基础。该数据集正是针对 3D7 株这一常用实验室虫株，在完整红细胞内发育周期中开展时间进程转录组采样，旨在刻画整个周期内转录本的变化轨迹。源站标题明确其为“恶性疟原虫 3D7 株的时间进程转录组”，本站将其归入感染 / 寄生虫病分类，体现了其在寄生虫感染研究中的定位。
【数据内容】
数据集的核心内容是恶性疟原虫 3D7 株在 48 小时完整红细胞内发育周期中的时间进程转录组数据。按照源站描述，RNA 样本每 2 小时采集一次，覆盖整个 48 小时的发育周期，因此形成了一系列按时间排列的表达谱样本。主题标签显示其属于“Expression profiling by array”，即基于芯片的表达谱分析，并标注了平台 GPL18893 与分类编号 5833。数据集仅包含 1 个文件，样例文件名为 GSE149865_series_matrix.txt.gz，该文件通常以矩阵形式组织样本与表达信息，便于后续读取与分析。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），源站提供了该数据集的标题与描述。根据源站描述，时间进程转录组是在恶性疟原虫 3D7 株中生成的，采样策略为在 48 小时完整红细胞内发育周期内每 2 小时收集一次 RNA 样本。数据集的作者为 Grennady 与 Wirjanata，发布时间为 202 年 5 月 4 日（原文如此）。本站分类为感染 / 寄生虫病，主题标签包括 Expression profiling by array、GPL18893 与 5833。除上述信息外，样本制备、测序或杂交的具体实验条件、虫株培养细节等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究恶性疟原虫在红细胞内发育周期中的转录动态，例如分析不同时间点基因表达的变化趋势、识别在特定发育阶段活跃的表达模式，以及比较周期内各阶段的表达差异。由于覆盖完整的 48 小时周期且每 2 小时采样一次，可用于构建时间序列表达谱，支持发育阶段相关的研究。其芯片表达谱属性也使其适合与同一平台（GPL18893）下的其他表达数据进行对照分析。此外，在感染 / 寄生虫病研究方向，该数据可作为疟原虫宿主内发育转录调控研究的基础资源。具体应用场景应以源站描述和平台信息为准，源站未提供更细化的分析建议。
【使用方法】
使用该数据集时，首先下载数据文件 GSE149865_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包格式，需按对应格式解压与读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认数据组织方式、样本标识与表达值编码无误后，再批量接入后续分析流程。由于数据集仅包含 1 个矩阵文件，读取时应重点关注样本列与时间点信息的对应关系，以便按 2 小时间隔还原时间序列。具体的字段含义与注释信息，源站未提供，需结合文件实际内容与平台 GPL18893 的说明进行确认。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件，数据规模相对有限，使用前应核对文件完整性与字段编码。源站描述仅说明采样策略为每 2 小时一次、覆盖 48 小时周期，未提供样本重复数、数据质控指标、归一化方法等质量相关信息，源站未提供。发布时间标注为“May 04 202”，年份信息不完整，引用时需注意。主题标签中的平台编号与分类编号可作为数据溯源参考，但平台的具体内容与数据质量评估，源站未提供。此外，数据集基于芯片表达谱，其检测范围与灵敏度受平台特性影响，相关技术细节源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Grennady 与 Wirjanata，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“Time course transcriptome of Plasmodium falciparum parasite of 3D7 strain”。使用时应遵循 NCBI 的相关使用条款与数据引用规范。关于该数据集的具体许可协议、引用格式以及商业使用限制，源站未提供，建议在使用前查阅源站页面获取权威说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE149865
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在3D7株恶性疟原虫中，通过在整个48小时红细胞内发育周期内每2小时采集一次RNA样本，生成了时间进程转录组。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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