核糖体图谱揭示翻译延伸调控 [Dataset_3]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE115160

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在翻译延伸过程中，核糖体经历显著的构象变化，以适应进入的氨酰-tRNA并沿mRNA模板发生移位。我们利用多种延伸抑制剂和化学探测方法，定义了对应于核糖体印迹所产生不同大小核糖体保护mRNA片段（RPFs）的核糖体构象状态。通过多种遗传和环境扰动，我们证明先前鉴定的20-22个核苷酸（nt）RPFs主要对应于处于预容纳状态的核糖体，其40S核糖体A位点呈开放状态；而经典的27-29 nt片段则对应于处于预移位状态的核糖体，其40S核糖体A位点被占据。核糖体印迹所揭示的这些不同核糖体构象状态在所有受检真核生物中均可见，包括真菌、线虫和哺乳动物。这种高分辨率核糖体印迹方法揭示了在高渗胁迫期间通过eEF2磷酸化实现的预期Rck2依赖性移位抑制。

这些相同的方法揭示了在氧化应激期间存在强烈的翻译延伸阻滞，其中核糖体被困在易位前状态，但在这种情况下，翻译阻滞不依赖于Rck2驱动的eEF2磷酸化。这些结果为界定影响整个生物学中翻译延伸的分子事件提供了新的见解和方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。