澳大利亚鸡艾美耳球虫线粒体基因组数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.20hd2

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 682.4 KB。

数据说明

现代分子方法极大地提升了区分感染鸡的艾美耳球虫物种的诊断能力。整合来自多个遗传标记的信息、增加其他家禽艾美耳球虫物种以及扩大现有数据集规模，正在提高DNA的分辨能力，从而增进我们对本属的理解。本研究新增了来自澳大利亚鸡艾美耳球虫分离株的25个完整线粒体DNA基因组信息，代表了澳大利亚已知存在的全部10个物种，包括OTU-X、-Y和-Z。由此产生的系统发育树提供了物种亲缘关系的全面视图，突出显示了这些OTU相对于属内其他成员的位置。所有三个OTU均落在仅包含感染鸡物种的艾美耳球虫进化支内，与E. maxima、E. brunetti和E. mitis亲缘关系密切。澳大利亚分离株之间的线粒体遗传多样性较低，可能反映了它们在欧洲殖民后近期才传入该国。

观察到的遗传多样性缺乏是一个有希望的结果，因为它表明目前使用的活疫苗应能继续为所有州和领地提供广泛的保护，抵御艾美耳球虫病的爆发。经常发现同一鸡群中寄生着同一物种的多种菌株，这是研究现场疾病流行病学时应考虑的一个因素。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。