数据来源:种群基因组学揭示疟疾蚊Anopheles moucheti种群间广泛的遗传多样性
数据可用于评估 Anopheline 种群的适应潜力,并支持对包括研究不足物种在内的媒介进行进化变化的分析(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universa

基本信息
资源简介
数据来源:种群基因组学揭示疟疾蚊Anopheles moucheti种群间广泛的遗传多样性
Data from: Extensive genetic diversity among populations of the malaria mosquito Anopheles moucheti revealed by population genomics
该数据集来自 Dryad,由 Fouet、Kamdem、Gamez 与 White 于 2017 年发布,属于感染 / 寄生虫病分类。研究针对喀麦隆野外捕获的疟疾媒介 Anopheles moucheti,构建了 double-digest Restriction Associated DNA(ddRAD)文库,并获得 6461 个 Single Nucleotide Polymorphisms(SNPs),用于探讨其种群结构与种群历史。数据可用于评估 Anopheline 种群的适应潜力,并支持对包括研究不足物种在内的媒介进行进化变化的分析(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universa。
【数据集背景】
源站首次发布:2017。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):由于大多数非洲国家正在开展大规模干预项目,疟疾媒介正面临强烈的选择压力。因此,当前优先事项之一是清晰评估按蚊种群的适应潜力,这对于理解和预测蚊子可能对这类适应挑战作出的反应至关重要。开发基因组资源以支持对所有媒介(包括目前研究不足的物种)的进化变化进行可靠检验,是实现这一目标不可避免的一步。在此,我们构建了 double-digest Restriction Associated DNA(ddRAD)文库,并生成了 6461 个 Single Nucleotide Polymorphisms(SNPs),用于探索来自喀麦隆野外捕获的 Anopheles moucheti 的种群结构和种群历史。样本间等位基因频率的全基因组分布最符合
【主题与分类】
主题标签:Anopheles moucheti、de novo Assembly。本站分类:感染/寄生虫病。
【获取与许可】
源站页面:https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.42m1p
使用许可:Creative Commons Zero v1.0 Universal。
下载信息
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源站:https://doi.org/10.5061/dryad.42m1p
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- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 4.20 GB。
数据说明
由于大多数非洲国家正在实施大规模干预计划,疟疾病媒正面临着强烈的选择压力。因此,当前的重点之一是明确评估按蚊种群的适应潜力,这对于理解和预测蚊子对此类适应性挑战可能作出的反应至关重要。开发基因组资源以支持对所有病媒(包括目前研究不足的物种)的进化变化进行深入探究,是实现这一目标不可避免的一步。在此,我们构建了双酶切限制性位点关联DNA(ddRAD)文库,并生成了6461个单核苷酸多态性(SNPs),用于探究从喀麦隆野外捕获的Anopheles moucheti的种群结构和种群历史。样本间等位基因频率的全基因组分布最符合一个处于平衡状态的古老种群的特征,表现为弱的遗传结构和广泛的遗传多样性,这可能是由于长期较大的有效种群规模所致。
对SNPs的FST和连锁不平衡(LD)估计显示,整个基因组中的遗传分化极低,且群体间不存在分离的LD区块,表明总体上缺乏局部适应性。我们的研究首次在基因组尺度上对An. moucheti的遗传结构和多样性进行了探究。我们得出结论,尽管遗传结构较弱,但该物种凭借其丰富的遗传多样性,有可能对当前的病媒控制措施以及其他快速的人为和环境变化构成挑战。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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