减毒流感疫苗接种后终末分化流感特异性效应记忆B细胞 [scRNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE319406

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

减毒活流感疫苗（LAIV）是唯一获得FDA批准的黏膜疫苗。尽管其保护相关性易于检测，但LAIV接种后循环中的保护相关性指标仍然缺乏。利用荧光染料标记的血凝素（HA）抗原，我们此前鉴定出一组HA特异性（HA+）IgD阴性记忆B细胞，这些细胞在肌内注射灭活疫苗（IIV）后于循环中出现，表达主转录调控因子T-bet以及效应记忆基因，并可预测对IIV的持久抗体（Ab）应答。在本研究中，我们对一组接种LAIV后发生血清转化的免疫受试者进行了循环HA+ IgD阴性记忆B细胞应答分析，以确定是否存在某些循环HA+ B细胞能够预测LAIV接种后的抗体应答。尽管我们报道LAIV可诱导循环T-bet+ HA+ IgD阴性B细胞，其表型与我们在IIV后所描述的细胞相似，但我们发现这些细胞的数量与LAIV接种后的系统性HA-IgG应答之间无相关性。监督式和非监督式分析表明，与IIV不同，LAIV优先诱导循环HA+ IgD阴性B细胞共表达TBX21和终末效应细胞基因Zeb2。

与其终末分化状态一致，LAIV诱导的T-bet+细胞在全身或黏膜抗原再次刺激后无法被召回为短寿命的抗体分泌细胞（ASC）。我们得出结论，HA+ IgDneg B细胞的转录谱和功能因流感疫苗平台而异。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。