VN_ICU_unmasked数据集

包含越南河内两家ICU六个月研究中三种病原菌的从头组装基因组数据,用于感染分析。

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DataCite Commons
2020-12-07 更新
浏览 16
基因组VietnamICUEscherichiaAcinetobacterassemblyKlebsiellaMicrobiology
VN_ICU_unmasked

基本信息

模态
基因组
大小
4.827859008 GB
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2020-12-07
版本
v1

资源简介

VN_ICU_unmasked数据集

【一句话概览】

本数据集是 figshare 公开的组学数据集,收录 1 个文件、合计 4.83 GB,主题涵盖 Vietnam、ICU、Escherichia、Acinetobacter、assembly,可用于生物标志物发现与分子分型研究,CC BY 4.0 许可开放获取。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《VN_ICU_unmasked.tar.gz》。源站首次发布:2020-12-07。

【数据内容】

源站原始描述:Filtered de novo assembly of all species (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Acinetobacter baumannii) from 6-month study of two ICUs in Hanoi, Vietnam

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):对来自越南河内两个ICU为期6个月研究中所有物种(Escherichia coli、Klebsiella pneumoniae和Acinetobacter baumannii)的过滤后从头组装。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 4.83 GB。数据集 DOI:10.6084/m9.figshare.13303253.v1。

【主题与分类】

源站学科分类:Microbiology not elsewhere classified。主题标签:Vietnam、ICU、Escherichia、Acinetobacter、assembly、Klebsiella、Microbiology。

【适用方向】

组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。

【获取与许可】

源站页面:https://figshare.com/articles/dataset/VN_ICU_unmasked_tar_gz/13303253

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Roberts, Leah (2020). VN_ICU_unmasked.tar.gz. figshare. Dataset

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使用方式

数据集获取(Figshare)

命令行下载

curl -L -o "VN_ICU_unmasked.tar.gz" "https://ndownloader.figshare.com/files/25634630"

文件清单

  • VN_ICU_unmasked.tar.gz(4.83 GB)

文件总体积 4.83 GB(源站 API 实测)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

Filtered de novo assembly of all species (Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Acinetobacter baumannii) from 6-month study of two ICUs in Hanoi, Vietnam.

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.6084/m9.figshare.13303253.v1(source: https://figshare.com/articles/dataset/VN_ICU_unmasked_tar_gz/13303253)。

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